Los riesgos son mínimos, ya que se trata de una técnica muy eficaz y con un altísimo grado de seguridad, siempre que la indicación sea adecuada. No obstante, las posibles complicaciones serias que puedenaparecer son, como en toda cirugía, la infección y la inflamación corneal. Dichas complicaciones son raras, si no excepcionales, y exigen un tratamiento diferente.

En algunos casos, tras la intervención puede persistir algún defecto refractivo residual como consecuencia generalmente del proceso reparativo corneal. Dicho defecto puede ser reintervenido si las condiciones de la córnea lo permiten.

Hoy día, con las nuevas tecnologías, los efectos secundarios como destellos, halos, o dificultad con la visión nocturna son raros. La mayoría de estos efectos secundarios son temporales y desaparecen al cabo de unos días o semanas después de la cirugía.

El paciente debe firmar un consentimiento informado antes de la operación, donde confirma que conoce los riesgos, beneficios, opciones, alternativas y posibles complicaciones.