El IISFJD, presenta un total de 9 grupos asociados de investigación adscritos fundamentalmente a cuatro Áreas de investigación:


- Cáncer (http://www.fjd.es/iis_fjd/es/areas-grupos-investigacion/cancer/grupos-asociados)

- Enfermedades infecciosas, inflamatorias y crónicas (http://www.fjd.es/iis_fjd/es/areas-grupos-investigacion/enfermedades-infecciosas-inflamatorias-cronicas/grupos-asociados)

- Enfermedades Renales, Metabólicas y Cardiovasculares (http://www.fjd.es/iis_fjd/es/areas-grupos-investigacion/enfermedades-renales-metabolicas-cardiovasculares/cirugia-cardiaca-vascular-grupo-asociado)

- Tecnología e Innovación sanitaria (http://www.fjd.es/iis_fjd/es/areas-grupos-investigacion/tecnologia-innovacion-sanitaria/grupos-asociados)