Acuerdos y Colaboraciones
Se ha firmado un acuerdo entre las entidades que forman el actual Instituto de Investigación, con el fin de formalizar un marco de colaboración con las características propias de un Instituto de Investigación Sanitaria.
El IIS- FJD tiene conferida la capacidad de la gestión íntegra de la investigación y los recursos resultantes de la misma, y es la entidad que vertebra la política científica, dando soporte al desarrollo de los proyectos científicos, fomentando la cultura de la investigación y la producción científica de excelencia y promoviendo la transferencia de los resultados al sector asistencial y al productivo.
Es de destacar la colaboración existente entre las entidades que conforman el IIS-FJD, a través de acuerdos marco de colaboración y convenios de cooperación.
Así, se formalizó un acuerdo con la Universidad Autónoma de Madrid 
(1994), con vistas a una gradual integración en el Instituto. Fruto de la política de integración llevada a cabo ha surgido la creación de Unidades Mixtas que permiten integrar, de manera eficaz, al personal de sendas instituciones en los espacios de investigación del IIS- FJD.
Además de con la Universidad Autónoma de Madrid, la Fundación Jiménez Díaz colabora con Instituciones de Investigación, tales como el Centro Superior de Investigaciones Científicas, la Universidad de Alcalá de Henares, el CEU, la Universidad de Navarra, y el CIEMAT.
Es de destacar asimismo la estrecha colaboración con la Fundación Conchita Rábago.
Las distintas instituciones que conforman el Instituto están debidamente representadas en el órganos de gobierno (Consejo Rector) y su integración está definida y sujeta a los diferentes acuerdos marco o convenios de colaboración que tienen suscritos con la FJD.
Entidades que integran el IIS-FJD:
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