La actividad asistencial del Departamento de Microbiología Clínica se dirige de forma expresa al diagnóstico y tratamiento de pacientes con enfermedades infecciosas.

El Departamento de Microbiología Clínica, además, realiza esta actividad en los otros hospitales del grupo IDC Salud en Madrid, y funciona como centro de referencia para el diagnóstico microbiológico de otros centros del grupo IDC Salud localizados en diversas Comunidades Autónomas españolas.