El Servicio de Oftalmología se integra dentro del Instituto de Investigación sanitaria de la FJD (IIS-FJD), con el grupo de investigación Innovación en Oftalmología, dentro del área transversal Tecnología e Innovación Sanitaria. Las principales líneas de investigación de los diferentes grupos implicados en esta área son: en primer lugar, y en colaboración con el Servicio de Genética, el estudio y caracterización de las enfermedades hereditarias de retina y coroides; en segundo lugar, y en colaboración con el Instituto de Óptica del CSIC, interviene en investigaciones dirigidas al estudio de la acomodación y la presbicia, y al estudio de la biomecánica corneal y las ectasias corneales; por último, y en colaboración con el Centro de Biología Molecular del CSIC, interviene en el estudio y desarrollo de un modelo experimental de endotelio corneal y su respuesta ante diferentes estímulos.

La producción científica del Servicio de Oftalmología en cuanto a publicaciones, proyectos de investigación financiados y patentes puede ser consultada en la memoria del IIS-FJD, así como en la de la FJD.

En cuanto a la docencia, el Servicio de Oftalmología coordina e imparte la asignatura Oftalmología del Grado de Medicina y Cirugía de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), y participa en los programas de doctorado con la dirección de numerosas tesis doctorales. El Servicio tiene acreditadas tres plazas todos los años para formación de médicos especialistas vía MIR, lo que supone la presencia permanente en el servicio de 12 residentes de Oftalmología.