Biobanco

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Personal

El B-FJD cuenta con la financiación de un técnico y un doctor con dedicación exclusiva a la actividad del Biobanco, concedida dentro de la convocatoria pública AES 2021-2023 Plataforma ISCIII de Biobancos y Biomodelos. El personal implicado en los distintos nodos que componen el B-FJD desarrolla su actividad de forma complementaria a su actividad asistencial e investigadora.

Estructura organizativa del Biobanco:

• Titular del B-FJD: responsabilidad del Director Gerente del HUFJD.
• Director Científico del Biobanco: Dr. Federico Rojo.
• Coordinadora: Dra. Sandra Zazo.
• Técnico del Biobanco: contratado a través de la Plataforma de Biobancos 2021-2023 Plataformas de Apoyo a la I+D+i en Biomedicina y Ciencias de la Salud. Plataforma ISCIII de Biobancos y Biomodelos
• Nodos o grupos adscritos al Biobanco:

BIOBANCO

Ubicación y contacto

El Biobanco sigue un modelo descentralizado, por lo que no existe una ubicación física y el almacenamiento de las muestras depende de cada nodo.
Teléfono: 915504800/Extensión 2229
Email: szazo@fjd.es

Funciones y objetivos

El Biobanco de la Fundación Jiménez Díaz (B-FJD) es una infraestructura de alto valor estratégico sin ánimo de lucro, concebido como una plataforma descentralizada trasversal de apoyo al IIS-FJD, con capacidad de captación de muestras, generación de modelos celulares y animales y prestación de servicios a los grupos de investigación del propio instituto, del hospital y a usuarios externos. Desde su constitución en 2009, uno de los objetivos principales del B-FJD ha sido la integración de las actividades propias del biobanco en la actividad de los servicios asistenciales, siendo todos sus miembros, personal con dedicación compartida asistencial. Esto ha posibilitado que actualmente la Unidad cuente con personal contratado por el IIS-FJD y la FJD implicados en la captación, registro de muestras biológicas y prestación de servicios. Lo mismo ocurre con los nuevos centros satélites del biobanco, donde la captación y procesamiento de muestras es asumida como parte de la actividad asistencial.

Equipamiento

El Biobanco cuenta con equipamiento propio adquirido en su totalidad a través de la concesión de ayudas de la RETICS de Biobanco de ISCIII desde el año 2009 hasta el 2013.

El equipamiento e infraestructura disponibles en el B-FJD son:

• Sistema de gestión de la información NorayBanks que cumple con todos los requisitos de la LOPD, la aplicación se ha instalado en los servidores de la FJD y se tiene acceso tanto en red como vía internet.
• Sistemas de almacenamiento de muestras: todos los equipos de congelación del B-FJD son de uso exclusivo para la conservación de muestras del biobanco, todos ellos con conexión a red eléctrica de potencia de seguridad, depósito de CO2, registro continuo de temperatura y alarmas local y telefónica. Se dispone de: 9 equipos de -20ºC (2 equipos de back-up), 8 equipos de -80ºC (2 equipos de back-up), 2 equipos de nitrógeno líquido (1 equipo de back-up). Además, se dispone de un archivo de parafina a temperatura ambiente, ignífuga, ordenada y custodiada en cuarto de acceso restringido.
• Sistemas de purificación, cuantificación y evaluación de ácidos nucleicos: sistema Magna Pure Compact, sistemas EZ1 Advanced y Advanced XL; sistema Agilent Bioanalyzer 2100 con complementos y fungible para análisis de DNA, RNA, Nanodrop ND1000, QubitFluoremetric de Thermo Fisher Scientific.
• Sistemas de procesamiento de muestras liquidas y tisulares.
• Sistemas de análisis: sistemas de PCR a tiempo final y tiempo real, sistemas de pirosecuenciación y secuenciación masiva NGS, sistemas automatizados de realización de inmunohistoquímica (Autostainer de Dako).
• Sistemas de digitalización de imágenes.
• Material fungible de laboratorio, básico para el procesamiento, almacenamiento y valoración de calidad de muestras biológicas.

Actividad y cartera de servicios durante el 2021

Cesiones de muestras y datos clínicos asociados: La unidad ha respondido a una total de 45 solicitudes de cesión de muestras, formalizando la cesión de muestras y datos clínicos asociados a un total de 26 proyectos, 4 de ellas incluyeron actividades de procesamiento de muestras. En total se ha cedido 1.243 casos, en su mayoría pertenecientes al área de enfermedades raras, enfermedades oncológicas y medicina regenerativa enfermedades:

1. Tipo de muestras:

i. Tejido sólido fijado y parafinado:

a) 109 casos secciones en portas

b) 3 casos bloque completo

ii. DNA de tejido sólido fijado y parafinado: 28 casos

iii. RNA de tejido sólido fijado y parafinado: 44 casos

iv. Tejido congelado: 17 casos, secciones en tubo

v. Plasma: 127 casos, alícuotas de 500ul

vi. Sangre completa: 14 casos

vii. Células purificadas: 24 casos

viii. DNA de sangre periférica: 879 casos

2. Tipo de proyecto:

i. Proyectos nacionales con financiación pública: 10 cesiones

ii. Proyectos internacionales con financiación pública: 5 cesiones

iii. Proyectos con financiación propia: 11 cesiones

3. Tipo de institución:

i. Propia del nodo: 20 cesiones

ii. Entidades privadas: 6 cesiones

En todos los casos, las solicitudes de cesiones fueron recibidas y tramitadas de forma local, contactando directamente con el B-FJD y gestionando la cesión directamente con los investigadores.

Cesiones de muestras COVID19: El Biobanco ha formalizado la cesión de muestras de pacientes COVID19 a 8 proyectos, 2 ensayos clínicos enfocados al desarrollo de terapias innovadoras frente al SARS-CoV-2, 1 proyecto con financiación de la convocatoria de "Proyectos de investigación sobre el SARS-CoV-2 y la enfermedad COVID19" del ISCIII y un proyecto internacional. En total se han cedido 2.817 casos de pacientes COVID19, con distinta gravedad de la enfermedad.

• Enfermos graves y/o ingresados en UCI: 2.627 casos

• Enfermos no graves ingresados: 160 casos

• Fallecidos: 30 casos

Atendiendo al tipo de muestras, la gran mayoría de las cesiones fueron de muestras de DNA de sangre periférica y plasma. Y destaca de cesión de muestras de lavados broncoalveolares y muestras de tejido sólido fijado y parafinado de pulmón y riñón en pacientes fallecidos.

Prestación de servicios:

De forma reseñable, el Biobanco en dos últimos años ha experimentado un incremento en las solicitudes de prestación de servicios, tanto por grupos de investigación de la institución para el procesamiento de muestras, como por instituciones privadas. Durante la duración de la última convocatoria de Plataformas de apoyo a la investigación, ha gestionado 23 solicitudes de prestación de servicios, principalmente en el área de cáncer, enfocadas todas ellas al procesamiento de muestras y la realización de técnicas moleculares complejas:

1. Cesión de muestras:

• Secciones de bloque de parafina en eppendorf (3 secciones 5μm).

• Secciones de bloque de parafina en porta (1 sección de 3 μm).

• Secciones de bloque de parafina en portas tratados (1 sección de 3μm).

• Tinción de HE de bloque de parafina (porta no tratado).

• Secciones de tejido congelado OCT en eppendorf (10 secciones de 15μm).

• Secciones de tejido congelado OCT en porta (1 sección de 3μm).

• Secciones de tejido congelado OCT en portas tratados (1 sección de 3μm).

• Tinción de HE de tejido congelado OCT (porta no tratado).

• Alícuota de Plasma (500 μl).

• Alícuota de Suero (500 μl).

2. Servicios de procesamiento y análisis: los servicios de procesamiento y análisis pueden aplicarse a muestras pertenecientes al biobanco, en solicitudes de cesión y procesamiento o a muestras externas en solicitudes únicamente de procesamiento:

• Extracción de ADN de muestra de tejido congelado (secciones de OCT).

• Extracción de ADN de muestra de tejido FFPE.

• Extracción de ADN de muestras de sangre completa.

• Extracción de ARN de muestra de tejido congelado (secciones de OCT).

• Extracción de ARN de muestra de tejido FFPE.

• Extracción de ARN de muestras de sangre completa.

• Cuantificación de muestras de ácidos nucleicos (1 muestra).

• Determinación de calidad de muestras de ácidos nucleicos (pureza e integridad).

• Separación de células mononucleares de sangre (10 ml).

• Obtención de alícuotas de plasma o suero (alícuotas de 500 μl).

• Inclusión de muestras en formol y parafina.

• Tinción Hematoxilina-Eosina.

• Tinción de histoquímica.

• Tinción de Inmunohistoquímica.

• Optimización de tinciones de inmunohistoquímica.

• Digitalización de imágenes.

• Construcción de Tissue Micro Array (TMA).

3. Almacenamiento de colecciones: Integración como colecciones de muestras fuera del ámbito organizativo del biobanco, pero amparadas bajo la infraestructura del biobanco en criterios de calidad.

• Almacenamiento de alícuotas en nitrógeno líquido en fase líquida.

• Almacenamiento de alícuotas en congelador de -80ºC.

• Almacenamiento de 1 caja de 81 posiciones en nitrógeno líquido en fase líquida.

• Almacenamiento de 1 caja de 81 posiciones en congelador de -80ºC.

• Creación y gestión de nuevas colecciones.

Actividad del biobanco:

En la actualidad, el B-FJD está implicado como servicio responsable del procesamiento de muestras en varios ensayos clínicos.

En el 2020 como el reclutamiento del ensayo "Caracterización tisular miocárdica en pacientes expuestos a antraciclinas para diagnóstico precoz de cardiotoxicidad. MATRIX", promovido por el IISFJD y en colaboración con el CNIC, cuyo investigador principal es el Dr. Borja Ibáñez, y en el que el biobanco actúa como laboratorio central del ensayo encargado del procesamiento de las muestras de sangre. Hasta la fecha se han reclutado un total de 85 casos con recogida de muestras en los 6 ciclos de tratamiento.

Durante la pandemia, el Biobanco también actuó recogiendo y procesando las muestras de sangre completa y lavados broncoalveolares del ensayo "Metoprolol intrAvenoso en Distrés RespIratorio Debido a COVID-19: estudio piloto. MADRID-COVID", en el que se han recogido una total de 20 casos y 80 muestras.

En la actualidad, el Biobanco participa como miembro del ensayo "Co-THEIA: Eficacia, seguridad y rentabilidad del metotrexato, adalimumab o su combinación en la uveítis no anterior no infecciosa" promovido por el H. Clínico San Carlos.

En la actualidad, el B-FJD está implicado como servicio responsable del procesamiento de muestras en varios ensayos clínicos. Desde el año 2013, el B-FJD actúa sede del Biobanco Grupo Español de Investigación en Cáncer de Mama (GEICAM), además de realizar actividades como laboratorio central. En la actualidad GEICAM cuenta con 49 estudios abiertos y con un total de 33.830 muestras derivadas sus estudios realizados, entre los que se encuentran muestras de tejido tumoral congelado, muestras fijadas El B-FJD ha dado servicio a más de 23 proyectos de GEICAM en los últimos años, principalmente en la preparación de secciones histológicas, preparación de matrices de tejido (TMA), y realizando técnicas de inmunohistoquímica y extracción de ácidos nucleicos., suero, plasma, sangre completa, ADN y ARN.