FUNCIONES Y OBJETIVOS

La Unidad de Bioinformática ofrece apoyo en régimen de colaboración a los grupos de investigación del IIS-FJD y externos, en el análisis de datos provenientes de tecnologías ómicas y de BigData clínica. Nuestra experiencia se centra en el tratamiento estadístico y bioinformático de datos genómicos y transcriptómicos y la caracterización funcional de sus resultados, incluyendo a este nivel datos de proteómica.


CARTERA DE SERVICIOS

Ofrece soporte técnico, científico y de consultoría en:

  • Diseño experimental que incluya análisis bioinformáticos posteriores.
  • Análisis estadístico y funcional de experimentos a gran escala incluyendo ensayos transcriptómicos (RNASeq, microarrays), genómicos (DNASeq), proteómicos y otros.
  • Desarrollo de métodos bioinformáticos ad hoc.
  • Interpretación de resultados de los análisis, escritura de métodos y resultados de nuestros análisis para publicaciones científicas.
  • Apoyo en solicitudes de proyectos científicos a convocatorias públicas y privadas que necesiten de análisis bioinformático.

La Unidad de Bioinformática desarrolla y mantiene protocolos bioinformáticos (pipelines) de análisis de DNASeq y RNASeq. Tiene experiencia en análisis de secuenciación de tercera generación (long reads, PacBio, Nanopore). También ha participado en el desarrollo de recursos para el estudio y análisis de regulación postranscripcional (splicing alternativo) y postraduccional (https://ptmcode.embl.deEste enlace se abrirá en una ventana nueva). Está involucrada en diversas iniciativas para establecer estándares y guías de buenas prácticas en análisis bioinformáticos en el entorno clínico (CIBERER, TransBioNet). Pertenece a la red TransBioNet (https://inb-elixir.es/transbionetEste enlace se abrirá en una ventana nueva), iniciativa conjunta del Instituto de Salud Carlos III y el Intituto Nacional de Bioinformática para organizar la traslación de la bioinformática al entorno sanitario.

Acepta estudiantes TFGs y TFMs. Ver publicaciones: http://bit.ly/37rODZqEste enlace se abrirá en una ventana nueva

Mas información: https://www.translationalbioinformaticslab.es/bioinformatics-unitEste enlace se abrirá en una ventana nueva


PERSONAL


  • Lorena de la Fuente Lorente.

EQUIPAMIENTO

Somos parte del nodo Bio del Centro de Computación Científica de la Universidad Autónoma de Madrid (CCC-UAM), donde utilizamos un cluster de computación de alto rendimiento con las siguientes características:

  • 4 servidores Intel Xeon Gold 6138F, 384GB de RAM y un total de 160 procesadores (320 cores).

Además cuenta con:

  • Servidor en máquina virtual en régimen compartido en Telefónica SA, 64GB de RAM y 16 cores.
  • workstations (5x32GB RAM y 1x16GB RAM).
  • Capacidad de almacenamiento en régimen compartido de 24TB en Telefónica SA.

UBICACIÓN

Laboratorio de Bioinformática, 4ª planta. Edificio Fundación Jiménez Díaz.


NORMAS DE ACCESO

Trabajamos en régimen de colaboración en proyectos científicos tras una evaluación de viabilidad.