Biobanco

Biobanco

Personal

El B-FJD cuenta con la financiación de un técnico y un doctor en biología con dedicación exclusiva a la actividad del Biobanco, concedida dentro de la convocatoria pública AES 2021-2023 Plataforma ISCIII de Biobancos y Biomodelos. Asimismo, cuenta con un responsable de Calidad de Biobanco. El personal implicado en los distintos nodos que componen el B-FJD desarrolla su actividad de forma complementaria a su actividad asistencial e investigadora.

Estructura organizativa del Biobanco:

• Titular del B-FJD: responsabilidad del Director Gerente del HUFJD
• Director Científico del Biobanco: Dr. Federico Rojo
• Coordinadora: Dra. Sandra Zazo
• Personal del Biobanco: contratado a través de la Plataforma de Biobancos 2021-2023 Plataformas de Apoyo a la I+D+i en Biomedicina y Ciencias de la Salud. Plataforma ISCIII de Biobancos y Biomodelos (técnico y doctor en biología)
• Responsable de Calidad de Biobanco
• Nodos o grupos adscritos al Biobanco:

BIOBANCO

Ubicación y contacto

El Biobanco sigue un modelo descentralizado, por lo que no existe una ubicación física y el almacenamiento de las muestras depende de cada nodo.
Teléfono: 915504800/Extensión 2229
Email: szazo@fjd.es

Funciones y objetivos

El Biobanco de la Fundación Jiménez Díaz (B-FJD) es una infraestructura de alto valor estratégico sin ánimo de lucro, concebido como una plataforma descentralizada trasversal de apoyo al IIS-FJD, con capacidad de captación de muestras, generación de modelos celulares y animales y prestación de servicios a los grupos de investigación del propio Instituto, del hospital y a usuarios externos. Desde su constitución en 2009, uno de los objetivos principales del B-FJD ha sido la integración de las actividades propias del biobanco en la actividad de los servicios asistenciales, siendo todos sus miembros personal con dedicación compartida asistencial. Esto ha posibilitado que actualmente la Unidad cuente con personal contratado por el IIS-FJD y el HUFJD implicados en la captación, registro de muestras biológicas y prestación de servicios. Lo mismo ocurre con los nuevos centros satélites del biobanco, donde la captación y procesamiento de muestras es asumida como parte de la actividad asistencial.

Equipamiento

El Biobanco cuenta con equipamiento propio adquirido en su totalidad a través de la concesión de ayudas de la RETICS de Biobanco de ISCIII desde el año 2009 hasta el 2013.

El equipamiento e infraestructura disponibles en el B-FJD son:

• Sistema de gestión de la información NorayBanks que cumple con todos los requisitos de la LOPD, la aplicación se ha instalado en los servidores del HUFJD y se tiene acceso tanto en red como vía internet.
• Sistemas de almacenamiento de muestras: todos los equipos de congelación del B-FJD son de uso exclusivo para la conservación de muestras del biobanco. Todos ellos con conexión a red eléctrica de potencia de seguridad, depósito de CO2, registro continuo de temperatura y alarmas local y telefónica. Se dispone de: 9 equipos de -20ºC (2 equipos de back-up), 8 equipos de -80ºC (2 equipos de back-up), 2 equipos de nitrógeno líquido (1 equipo de back-up). Además, se dispone de un archivo de parafina a temperatura ambiente, ignífuga, ordenada y custodiada en cuarto de acceso restringido.
• Sistemas de purificación, cuantificación y evaluación de ácidos nucleicos: sistema Magna Pure Compact, sistemas EZ1 Advanced y Advanced XL; sistema Agilent Bioanalyzer 2100 con complementos y fungible para análisis de DNA, RNA, Nanodrop ND1000, QubitFluoremetric de Thermo Fisher Scientific.
• Sistemas de procesamiento de muestras líquidas y tisulares.
• Sistemas de análisis: sistemas de PCR a tiempo final y tiempo real, sistemas de pirosecuenciación y secuenciación masiva NGS, sistemas automatizados de realización de inmunohistoquímica (Autostainer de Dako).
• Sistemas de digitalización de imágenes.
• Material fungible de laboratorio, básico para el procesamiento, almacenamiento y valoración de calidad de muestras biológicas.

Actividad y cartera de servicios durante el 2022

Cesiones de muestras y datos clínicos asociados: la Unidad ha formalizado la cesión de muestras y datos clínicos asociados a un total de 24 proyectos, 3 de ellas incluyeron actividades de procesamiento de muestras. En total se ha cedido 675 casos, en su mayoría pertenecientes al área de enfermedades raras, enfermedades oncológicas y medicina regenerativa:

1. Tipo de muestras:

i. Tejido sólido fijado y parafinado:

a) 352 casos secciones en portas

b) 3 casos bloque completo

ii. DNA de tejido sólido fijado y parafinado: 5 casos

iii. RNA de tejido sólido fijado y parafinado: 108 casos

iv. Plasma: 49 casos, alícuotas de 500ul

v. Suero: 49 casos, alícuotas de 500ul

vi. Orina: 49 casos

vii. Sangre completa: 22 casos

viii. Células purificadas: 4 casos

2. Tipo de proyecto:

i. Proyectos nacionales con financiación pública: 15 cesiones

ii. Proyectos internacionales con financiación pública: 9 cesiones

3. Tipo de institución:

i. Propia del nodo: 8 cesiones

ii. Entidades privadas: 2 cesiones

En todos los casos, las solicitudes de cesiones fueron recibidas y tramitadas de forma local, contactando directamente con el B-FJD y gestionando la cesión directamente con los investigadores.

Prestación de servicios:

De forma reseñable, el Biobanco en los últimos años ha experimentado un incremento en las solicitudes de prestación de servicios, tanto por grupos de investigación de la institución para el procesamiento de muestras, como por instituciones privadas. En el transcurso del año 2022, cabe destacar el servicio de almacenamiento prestado al servicio de oncología del hospital, de 2365 alícuotas de plasma, suero y sangre completa de un total de 120 pacientes que han donado sus muestras en régimen de Biobanco. Durante la última convocatoria de Plataformas de Apoyo a la Investigación, ha gestionado múltiples solicitudes de prestación de servicios, principalmente en el área de cáncer, enfocadas todas ellas al procesamiento de muestras y la realización de técnicas moleculares complejas.

Cartera de servicios

1. Cesión de muestras:

• Secciones de bloque de parafina en eppendorf (3 secciones 5μm)
• Secciones de bloque de parafina en porta (1 sección de 3 μm)
• Secciones de bloque de parafina en portas tratados (1 sección de 3μm)
• Tinción de HE de bloque de parafina (porta no tratado)
• Secciones de tejido congelado OCT en eppendorf (10 secciones de 15μm)
• Secciones de tejido congelado OCT en porta (1 sección de 3μm)
• Secciones de tejido congelado OCT en portas tratados (1 sección de 3μm)
• Tinción de HE de tejido congelado OCT (porta no tratado)
• Alícuota de Plasma (500 μl)
• Alícuota de Suero (500 μl).

2. Servicios de procesamiento y análisis: los servicios de procesamiento y análisis pueden aplicarse a muestras pertenecientes al biobanco, en solicitudes de cesión y procesamiento o a muestras externas en solicitudes únicamente de procesamiento:

• Extracción de ADN de muestra de tejido congelado (secciones de OCT)
• Extracción de ADN de muestra de tejido FFPE
• Extracción de ADN de muestras de sangre completa
• Extracción de ARN de muestra de tejido congelado (secciones de OCT)
• Extracción de ARN de muestra de tejido FFPE
• Extracción de ARN de muestras de sangre completa
• Cuantificación de muestras de ácidos nucleicos (1 muestra)
• Determinación de calidad de muestras de ácidos nucleicos (pureza e integridad)
• Separación de células mononucleares de sangre (10 ml)
• Obtención de alícuotas de plasma o suero (alícuotas de 500 μl)
• Inclusión de muestras en formol y parafina
• Tinción Hematoxilina-Eosina
• Tinción de histoquímica
• Tinción de Inmunohistoquímica
• Optimización de tinciones de inmunohistoquímica
• Digitalización de imágenes
• Construcción de Tissue Micro Array (TMA)

3. Almacenamiento de colecciones: integración como colecciones de muestras fuera del ámbito organizativo del biobanco, pero amparadas bajo la infraestructura del biobanco en criterios de calidad.

• Almacenamiento de alícuotas en nitrógeno líquido en fase líquida
• Almacenamiento de alícuotas en congelador de -80ºC
• Almacenamiento de 1 caja de 81 posiciones en nitrógeno líquido en fase líquida
• Almacenamiento de 1 caja de 81 posiciones en congelador de -80ºC
• Creación y gestión de nuevas colecciones

Actividad del biobanco:

En la actualidad, el B-FJD está implicado como servicio responsable del procesamiento de muestras en varios ensayos clínicos.

Como en el reclutamiento del ensayo "Caracterización tisular miocárdica en pacientes expuestos a antraciclinas para diagnóstico precoz de cardiotoxicidad (MATRIX)", promovido por el IISFJD y en colaboración con el CNIC, cuyo investigador principal es el Dr. Borja Ibáñez y en el que el biobanco actúa como laboratorio central del ensayo encargado del procesamiento de las muestras de sangre. Hasta la fecha se han reclutado un total de 40 casos con recogida de muestras en los 6 ciclos de tratamiento.

Actualmente, el Biobanco participa como miembro del ensayo "Co-THEIA: Eficacia, seguridad y rentabilidad del metotrexato, adalimumab o su combinación en la uveítis no anterior no infecciosa" promovido por el Hospital Clínico San Carlos.

Así mismo, también participa en el ensayo "Estudio de la evolución y factores asociados a la Calidad de Vida relacionada con la Visión y con la Salud en sujetos con uveítis no infecciosa: un análisis longitudinal" promovido por la Fundación de Investigación Biomédica del Hospital Clínico San Carlos

Durante la pandemia, el Biobanco también actuó recogiendo y procesando las muestras de sangre completa y lavados broncoalveolares del ensayo "Metoprolol intravenoso en Distrés RespIratorio Debido a COVID-19: estudio piloto. MADRID-COVID", en el que se recogieron un total de 20 casos y 80 muestras. Desde el año 2013, el B-FJD actúa como sede del Biobanco Grupo Español de Investigación en Cáncer de Mama (GEICAM), además de realizar actividades como laboratorio central. En la actualidad, GEICAM gestiona un total de 25 colecciones de muestras de estudios clínicos cerrados y 19 colecciones de estudios clínicos activos y con un total de 46.846 muestras biológicas procedentes de un total de 38.035 pacientes/donantes. El B-FJD ha dado servicio a numerosos proyectos de GEICAM en los últimos años, principalmente en la preparación de secciones histológicas, preparación de matrices de tejido (TMA) y realizando técnicas de inmunohistoquímica, extracción de ácidos nucleicos (ADN y ARN) y procesamiento de muestras de sangre para la obtención de suero, plasma y sangre completa.Para finalizar, y como hito reseñable, desde noviembre de 2022 el Biobanco del HUFJD está certificado por la norma de gestión de calidad ISO 9001 como plataforma dentro del IIS-FJD. Esta certificación incluye un mapa de procesos definido, unos objetivos e indicadores de calidad, así como un mapa de riesgos específico del Biobanco. Actualmente, y en colaboración con la Unidad de Calidad del HUFJD, se está trabajando en la implantación de la acreditación según la norma específica de Biobanco ISO 20387. A este respecto, además del avance en los procedimientos específicos, se está trabajando en el diseño de un LIS específico de Biobanco que permita una mejor trazabilidad de todos los procesos, así como en el volcado de toda la información relativa al Biobanco en la nueva plataforma de Gestión de la Calidad Qualios 4H, recientemente implantada en el HUFJD.